Nach der Explosion, die die Stadt zerstörte, erhält Neo-Tokio sein neues Gesicht aus Ruinen. Zwei Kräfte konkurrieren nun um Territorium: das Große Tokioter Reich unter der Führung von Akira und die religiöse Organisation unter der Führung von Lady Miyako. Die Regierung schickte Soldaten, um das Wunderkind zu liquidieren. Schließlich gewöhnt sich Tetsuo allmählich an die Kapseln, die seine Kräfte freisetzen, bis Lady Miyako ihn lehrt, dass die wahre Kraft woanders liegt ...