1 an et demi après la fin de la saison 1, l'unité 1 du Bureau de la Sécurité Publique est de retour avec l'Inspectrice Akané Tsunémori à sa tête. Une toute nouvelle équipe qui se lance à la poursuite d'un mystérieux Kamui, instigateur de nombreux attentats. Or l'existence même de Kamui est parfaitement invisible aux yeux du Système Sybil. À nouveau, les limites du Système Sybil sont éprouvées. Quelles seront les conséquences pour l'unité 1 ?